باکتری‌ها در خاک در دو نوع هوازی (باکتری‌های مفید) و بی‌هوازی (عمده آنها باکتری‌های بیماریزا) هستند. نوع هوازی‌ها برای گیاه بسیار مفید هستند چرا که این نوع از باکتری‌ها باعث حل شدن عناصر غذایی و فراهمی آن‌ها برای گیاه می‌شوند. دسته دوم که باکتری‌های بی‌هوازی‌اند، برای گیاه مخرب و عامل بیماری هستند. باکتری‌های مفید در دامنه pHهای اسیدی فعالیت خوبی داشته و در این دامنه باعث آزاد سازی عناصر می‌شوند. باکتری‌های مخرب نیز در pHهای قلیایی رشد و فعالیت دارند. نکته قابل توجه این است که تغییر pH به سمت اسیدی شدن مثلا کاهش pH خاک از ۸ به ۷.۵ باعث افزایش فعالیت باکتری های هوازی می‌شود.