از آنجا که بیشتر باکتری‌های مفید از نوع هوازی هستند بنابراین وجود اکسیژن در خاک برای فعالیت این باکتری‌ها ضروری است. پس شرایط غرقاب و عدم تهویه مناسب جمعیت این باکتری‌ها را کاهش می‌دهد. علاوه بر اکسیژن، میزان فعالیت و حضور باکتری‌های مفید وابستگی زیادی به pH خاک دارد. این باکتری‌ها در pHهای نسبتا اسیدی فعالیت خوبی داشته و بالعکس در pHهای قلیایی از جمعیت آن­ها کاسته می‌شود که در این صورت جذب و حلالیت عناصر غذایی نیز کاهش خواهد یافت. وجود مواد آلی نیز تا حد زیادی بر افزایش جمعیت باکتری‌های مفید خاک‌ تاثیرگذار است. یکی دیگر از عواملی که بر فعالیت این باکتری‌ها مفید است رطوبت خاک است. خاک‌هایی که در آنها رطوبت کافی وجود نداشته باشد جمعیت و فعالیت باکتری‌های مفید نیز کاهش پیدا خواهد کرد.