کودهای زیستی در چند دسته طبقه‌بندی می‌شوند که بهترین و موثرترین نوع آنها از لحاظ تامین غذا برای گیاه، کودهای حاوی سویه‌های باکتری و یا قارچ‎‌های زنده هوازی هستند که به آنها کودهای میکروبی گفته می‌شود. از بین دو دسته یاد شده،  تاثیرگذاری موثر و واقعی را کودهای میکروبی باکتریایی هوازی دارند. این دسته از کودها تولیدکننده متابولیت‌های مفید و حل کننده عناصر مورد نیاز گیاه در خاک می‌باشند. اما کودهای میکروبی سویه‌های قارچی تنها  عنصر فسفر را تامین می‌کنند و عناصر دیگر را یا فراهم نکرده و یا در حد بسیار ناچیز فراهم می‌کنند. در کل این میکروارگانیسم‌ها برای خاک و گیاه بسیار مفید بوده و با فعالیت خود باعث حلالیت عناصر خاک، تنظیم pH به نفع توسعه میکروارگانیسم‌های مفید، مقابله با پاتوژن‌ها، اصلاح و باروری خاک می‌شوند.