کلسیم یکی از عناصر اصلی در استحکام دیواره سلولی گیاهان بوده که از این طریق گیاهان را در مقابل آفات و بیماری‌ها مقاوم می‌نماید. این عنصر با افزایش رشد و پراکنش ریشه جذب مواد مغذی از خاک را بهبود بخشیده و همچنین نقش مهمی در کاهش مسمومیت فلزات سنگین، مقاومت به تنش‌های محیطی، افزایش کیفیت محصولات کشاورزی (عطر، طعم، رنگ و ماندگاری)، تنظیم و بزرگ شدن سلول، سنتز دیواره سلولی و غشای پلاسمایی دارد. این عنصر در حاصلخیزی و اصلاح خاک و همچنین کاهش اثرات تنش شوری بسیار مؤثر است. در کل کلسیم یک بلوک ساختمانی بزرگ در دیواره سلولی ایجاد کرده و حساسیت به بیماری را در گیاهان کاهش می‌دهد. از نقش‌های مهم عنصر کلسیم می‌توان به پیغام رسان (سیگنالینگ) بودن آن اشاره کرد.
کلسیم به طور غیر مستقیم موجب بهبود رشد ریشه و تحریک فعالیت‌های میکروبی می‌شود. کلسیم در راندمان تثبیت نیتروژن هوا توسط باکتری‌‌های تثبیت‌کننده نیتروژن موثر بوده و تشکیل گره‌های زیستی را در ریشه لگوم‌ها افزایش می‌دهد. کلسیم باعث رشد ریشه و برگ می‌شود و بر جذب و فعالیت سایر مواد مغذی تأثیر مثبت می‌گذارد.